在土地增值税清算过程中，房地产开发企业需缴纳的费用有几十种，包括政府性基金、行政事业性收费和经营服务性收费。对这些费用、基金，各地税务机关有不同的处理规定，而准确归集相关费用和基金，是正确计算土地增值额的关键之一。
政策规定
土地增值税暂行条例及其实施细则：总体上明确了费用和基金的内容，并作出解释。
《土地增值税宣传提纲》（国税函〔1995〕110号）：取得土地使用权所支付的金额，包括纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。以出让方式取得土地使用权的，为支付的土地出让金；以行政划拨方式取得土地使用权的，为转让土地使用权时按规定补交的出让金；以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）：明确了政府委托代收费用、利息支出、印花税、契税、评估费在计算土地增值税扣除项目时如何扣除。
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）：房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关的税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）：审核扣除项目是否符合要求，即在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆。扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。对于县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，审核其代收费用是否计入房价并向购买方一并收取；当代收费用计入房价时，审核有无将代收费用计入加计扣除以及房地产开发费用计算基数的情形。
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）：房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”扣除。
探讨分析
土地增值税清算关键是扣除项目及金额的正确核算，而扣除项目及金额核算的关键是对取得土地使用权支付的金额、6项开发成本、开发费用进行准确归集。土地增值税暂行条例及其实施细则只对有关成本费用范围及归集作了大概性的描述，行政收费和政府基金具体如何操作目前还没有明确的标准和口径。
根据国税发〔2009〕91号文件第二十一条及相关规定，笔者认为，房地产开发过程中交纳的费用、基金同时符合以下原则的，可在开发成本中归集扣除：
1.清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。房地产开发生产流程包括注册登记、土地取得、立项与规划、建筑施工、销售管理、产权办理等环节，也就是说，在开发项目进入竣工验收前所发生的费用（除财务会计制度规定直接计入当期损益外）都应归集到开发成本或取得土地使用权所支付的金额，不与开发直接相关的费用不得扣除。
2.实际发生的。对于预提或退还的费用，除税法明确的之外不得扣除。
3.取得合法有效的凭证。合法有效凭证，指对属于应税项目收费必须取得相关税务正式发票；对非应税收费必须取得省级以上财政部门收据；对应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。
同时，在土地增值税清算过程中，应将所发生的费用与开发项目之间的关联性作为划分标准。具体来说，要从费用发生的空间和时间上来区分。空间上，凡直接为土地、建房、基础设施、配套设施而发生的费用作为开发成本，反之作为期间费用。时间上，凡在房屋竣工以前的环节发生的、能够直接归集到核算对象的费用作为开发成本，反之作为期间费用。此外，财务会计制度规定与税法不一致的，按税法规定处理，税法未明确的，按财务会计制度及相关规定处理。
